如果你对这个技术不是很熟悉，建议你从细胞类型、实验条件、对照、抗体等方面来入手。这个试剂盒它可以兼顾多种细胞类型。

对于未固定的细胞，是研究组蛋白PTMs和转录因子理想的实验材料。这种细胞可以有多种来源，包括贴壁、悬浮细胞，组织样品。

CUT&RUN也可以用lightly-crosslinked细胞，样品固定般用于研究些染色质瞬时作用因子和某些PTMs。也可以提取nuclei，这种方法用于研究那些量很少的PTMs和蛋白。另外，当你的实验材料是免疫细胞时，也推荐提取nuclei，因为ConA beads可以激活某些免疫细胞。

对照和标准化是整个实验的关键步骤。阳性对照推荐使用H3K4me3或者H3K27me3,；阴性对照推荐使用Rabbit IgG。你还可以使用spike-in来进行标准化。

在zui近的项研究中，佛罗里达大西洋大学和国家糖尿病、消化和肾脏疾病研究所的科学家们利用CUT&RUN技术建立了个功能性全基因组图谱，该图谱是种称为缺氧诱导因子的蛋白质复合物的特异性结合位点—HIF1α，位于人眼的晶状体中。该团队表示选择CUT&RUN而不是ChIP-seq分析，是因为者不需要DNA-蛋白质交联。此外，与ChIP-seq相比，者成功实验所需的细胞计数J低。

正常而言，随着出生后眼睛的发育，提供健康血液供应的血管随着时间的推移开始萎缩。结果，眼睛中的氧气含量稳步下降，造成缺氧环境。HIF1α作为种蛋白质复合物，可调节身体对缺氧环境的反应，这意味着它可以在晶状体细胞发育和体内平衡中发挥作用。

该实验中收集的数据有助于建立眼晶状体中HIF1αDNA复合物的个功能图，同时也强调了健康晶状体发育对HIF1α的需求。zui终，CUT&RUN技术的这种成功应用，有助于接下来的大量研究，重点是了解某些蛋白质可能对基因表达的作用。

艾美捷作为表观遗传域业的解决方案供应商，推荐EpiGentek的EpiNext CUT&RUN Fast Kit，cat#：P-2028,该试剂盒从低输入提供无超声破碎，以可靠地识别真正的目标蛋白质富集区域并实现高分辨率定位。可满足您快速富集蛋白质结合的DNA并绘制全基因组蛋白质/DNA相互作用的图谱的需求。

来源：https://www.amyjet.com/featured/cutrun-2.shtml