巴氏杀菌机电动机经无级变速器、两级圆柱齿轮减速器带动蜗轮减速器，然后再用链条带主动轴旋转，再由装在轴上的链轮带动网带移动，需杀菌的物料罐头（或瓶）由进料输送带送入，经塑料过渡板进入网带上，并自动排列整齐进入杀菌区，循环水经蒸汽喷管加热至所需杀菌温度，由循环泵送至布置在网带上方的喷嘴内，被均匀雾化后淋洒在罐头（或瓶）上面对罐头进行加热杀菌。然后热水经网带流入下部热水槽中，再被蒸汽重新加热到所需的杀菌温度，由泵抽出循环使用。

   经杀菌后的罐头（或瓶）进入巴氏杀菌机温水冷却区，与杀菌区相同，温水由循环泵从温水槽内抽出送入布置在网带上方的各喷嘴，雾化后喷洒在罐头（或瓶）上面对物料进行预冷却，温水再经网带流入温水槽循环使用。

   罐头进入巴氏杀菌机冷却段后，冷却水（或自来水）经喷嘴雾化后对物料进行冷却，冷却水流入温水槽内，同时由温水槽内溢流出部分温水，以保持温水槽内温度恒定。

   巴氏杀菌机杀菌段热水的温度同温度控制仪自动控制，温度控制仪测得热水槽内温度之后，与所设定的温度进行比较，由富士温控仪来控制气动薄膜阀的开度，调整加热蒸汽的流量。

   巴氏杀菌机杀菌时间由杀菌工艺确定，可通过调整无级变速器的转速来改变（注意：停车时禁止调整）。

巴氏杀菌流水线一般是三段：杀菌段、冷却段、风干段。