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标题研究揭示了44个与偏头痛风险相关的SNP齐一生物报

   

提供者:齐一生物科技(上海)有限公司    发布时间:2016/6/24   阅读次数:161次 >>进入该公司展台
 国际头痛基因组学联盟(International Headache Genetics Consortium)的研究人员对22项GWAS研究进行了meta分析,并揭示了44个与偏头痛风险相关的SNP,定位到38个基因位点,其中包括28个新位点,这些位点富集的基因都在血管和平滑肌组织中表达。研究结果发表在《Nature Genetics》杂志上。
来自马萨诸塞州总医院和哈佛医学院的Aarno Palotie 和他的同事们在文章中写道,“研究中鉴定出的38个基因组位点佐证了一种说法,血管和平滑肌组织中的因子与偏头痛病理学相关,两种主要的偏头痛类型(先兆偏头痛和无先兆偏头痛)有一些共享的潜在遗传易感基因。”
38个偏头痛相关易感位点
Palotie和他的同事们收集了22项GWAS研究结果,包含了将近6万个患有先兆偏头痛或无先兆偏头痛的人,以及31.6万个对照,所有研究对象都是欧洲血统。他们利用千人基因组计划的参考panel填补缺失的基因型。
在初步分析中,研究人员对800多万个变异进行检测,检测到44个全基因组范围内独立的显著SNP。将邻近的关联位点合并后,他们发现了与偏头痛相关的38个基因组位点,其中28个为新发现的与偏头痛相关的位点。研究人员表示,之前研究中发现的与偏头痛相关的13个位点中有10个得到了验证。
研究人员还进行了偏头痛亚型的关联分析。偏头痛中最常见的一种类型为无先兆偏头痛,他们对这种类型进行分析鉴定出了7个显著位点,这7个位点在初步分析中就被发现。然而他们并未发现任何与先兆偏头痛特异相关的位点,这可能是因为其样本规模较小。异质性分析结果显示大部分发现的位点与这两种偏头痛亚型均相关。
偏头痛与血管和平滑肌组织中的因子相关
研究人员表示,这38个基因位点中84%都与蛋白编码基因转录本重叠,这些重叠区中45%的区域仅含有1个基因。这38个基因位点中仅2个与离子通道基因相关,降低了偏头痛可能是一种离子通道病这种假说的可能性。
这些相关基因中很多都曾被报道与血管疾病相关,例如PHACTR1、TGFBR2和HEY2,而其他基因则与平滑肌收缩和调节血管张力相关,例如MRVI1、GJA1和NRP1。
利用基因型-组织表达联盟(Genotype-Tissue Expression Consortium)项目的数据,研究人员发现一些疾病相关基因在某些组织中表达量更高。例如GPR149、 CFDP1和DOCK4在大脑中高表达,PRDM16、MEF2D和FHL5在血管组织中高表达。
Palotie和他的同事们还寻找了这38个偏头痛相关基因高表达的组织。基于这个分析,他们发现表达最高的组织是部分心血管系统,而消化系统同样也出现了基因富集。他们利用DEPICT工具和独立的芯片数据集重复得到了这个结果。
进一步利用GO过表达分析和基于DEPICT的二次分析,这些证据同样表明了心血管组织的相关性。研究人员指出,这些与血管组织相关的发现,与偏头痛并发症以及之前报道过的偏头痛、中风和心血管疾病共享多基因风险是一致的。
Palotie和他的同事们写道,“这些结果表示血管功能障碍和平滑肌功能障碍都与偏头痛发病机制相关。”然而,他们还补充道,神经机制同样可能与偏头痛相关。
 
参考文献:Meta-analysis of 375,000 individuals identifies 38 susceptibilityloci for migraine. Nature Genetics (2016) doi:10.1038/ng.3598

关键词:齐一生物  

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